Vila-sacra està situat en el centre de la comarca de l’Alt Empordà, en la província de Girona. El terme municipal té una extensió de 6,02 Km2.
Limita al nord amb el terme de Figueres i Peralada, a l’est amb Peralada i Fortià, al sud amb Fortià i El Far d’Empordà i a l’oest amb El Far d’Empordà i Figueres.