Vila-sacra està situat en el centre de la comarca de l’Alt Empordà, en la província de Girona. El terme municipal té una extensió de 6,02 km².
Limita al nord amb el terme de Figueres i Peralada, a l’est amb Peralada i Fortià, al sud amb Fortià i El Far d’Empordà i a l’oest amb El Far d’Empordà i Figueres.